Le conseil d'administration de l'AGRTQ est composé de cinq personnes élues annuellement par et parmi les représentants des 24 groupes membres. Le mode électif favorise une représentation équilibrée des milieux urbains et régionaux du Québec. En 2010-2011, le conseil d'administration est composé de :
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Édith Cyr, présidente, Bâtir son quartier, Montréal
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Jacinthe Cyr, vice-présidente, Groupe ressource en logements collectifs Gaspésie-Îles-de-la-Madeleine, Carleton-sur-Mer
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Manon Leduc, secrétaire, GRT du Sud-Ouest, Valleyfield
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Alain Marcoux, trésorier, GRT Habitation Lévy, Lévis
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Nancy Belleau, administratrice, Habitations populaires de l'Est, Rimouski